Anna est de retour à Bruxelles, après six mois à Berlin où elle s’est épanouie en explorant sa part lesbienne.
Nostalgique de son voyage, elle découvre un bar lesbien dans lequel elle décide de s’investir, mais cela va s'avérer plus compliqué que prévu.
De son côté, Malik est dans une mauvaise passe et semble fuir Anna.
Alors qu'elle tente de concilier ses deux parts d'elle-même, Malik essaye de les séparer à tout prix.
La saison 2 de « La théorie du Y » plonge plus en profondeur encore dans le monde LGBTQI+ bruxellois à travers des personnages inspirés du réel, présents partout mais trop souvent invisibilisés.